如果说巫医是道教医学的最初源头的话，那么秦汉时期在方仙道、黄老道旗帜下涌现出来的方士医学则是道教医学的直接前身。也就是说，秦汉时期的方士医学是道教医学产生的先声。为什么这样说呢？这要从作为汉代道教前身方仙道、黄老道及其与传统医学的密切关系来考察。
关于方仙道的来历，司马迁在《史记》中最早使用了“方仙道”一词，云：“宋毋忌、正伯侨、充尚、羡门高最后皆燕人，为方仙道，形解消化，位于鬼神之事。”从方仙道善于“形解消化，依于鬼神之事”来分析，方仙道与古代原始宗教巫术有着历史继承关系。因此，一般认为方仙道承袭了古代原始宗教之巫术。春秋战国时，燕齐一带的方士将神仙学说、方技、术数与驺衍的阴阳五行说融为一体形成了方仙道，并盛行于世，至秦汉时趋于成熟。方仙道以长生不死，得道成仙为其宗旨。所谓“方”指不死的药方，“仙”乃指不死的神仙。从方仙道的性质来分析，方仙道与原始巫术医学有一定的关联。
就传统医学而言，秦汉时期才形成其完整的理论体系，而巫术医学不过是这一体系出现之前的早期发展形态和必要阶段。春秋末期，秦国医和就提出了“阴阳风雨晦明”六气作为“寒疾、热疾、末疾、腹疾、惑疾、心疾”的致病因素，其对病因的解释已突破了巫术医学鬼神致病的病因观。而战国时代的秦越人（扁鹊）还明确地把“信巫不信巫”列为“六不治”之一。这表明，随着医疗经验的积累、医学思想的进步，传统医学某些流派（笔者按：扁鹊“言脉”及使用针砭疗疾，可归属刘向《艺文志》所称“医经”一派）的发展医经开始摒弃巫术而朝着独立的方向发展，因而开启了一个新的时期。但巫术及巫术医学并没有立即消失，巫医的势力仍然很大，它主要是通过方士之术，继续对传统医学发挥着影响。
伴随着方仙道而产生的方士医学，它的出现是秦汉时期医学发展的一大特点。方仙道及方士医学的出现绝非偶然，有其逻辑和历史必然性。从根本上分析，这是“不死”观念和长生信仰推动的结果。长生信仰由来已久，随着医学的进步，至迟在春秋战国时，人们便萌发了“长生”与“不死”的观念。此乃古人在经验知识的基础上经过逻辑推理得出来的。因为在古人看来，服用药物既然可以治病，可以使人不病，那就可以延年，甚至长生不死。这时出现了许多关于长生的神话传说，而且这种“长生说”往往把长生的愿望寄托在仙药和神仙身上，希冀通过服食仙药成为逍遥自在、长生不死的神仙。我国流传甚广的神话故事“嫦娥奔月”就是一例。前文说过，《山海经》载有巫彭等十巫，“皆操不死之药”；书中还有“不死之国”、“不死山”、“不死树”、“不死民”的生动描述。这种对仙境的向往和憧憬，使得春秋战国时期神仙说大兴，从而出现了许多求仙、成仙为目的各种方术，继而形成以求仙成仙为目标、修习个种方术的方士集团——方仙道。
方仙道的方士受神仙信仰的支配，以“长生成仙为务”，故对医学颇为重视，方士兼医是方仙道的一大特征。所以，可以将这一时期方士出身的医家称为方士医，以区别于秦汉时期的官医和一般民医。方士医学是秦汉医学发展中的一支不可忽视的力量，它是传统医学的一个重要组成部分。汉代班固《汉书·艺文志》“方技略”中“序方技为四种”即“医经、经方、房中、神仙”并列为方技，指出：“方技者，皆生生之具，王官之一守也。太古有岐伯、俞拊，中世有扁鹊、秦和，盖论病以及国，原诊以知政。汉兴有仓功。”可见，方仙道所代表的“神仙”一派本来就是“生生之具”，就是医道的一种。古代文献中也把医术名为方技，医家传记也入方技传。历史上人们常常把医道同于仙道。明代著名道教医家龚延贤曾指出：“医道古称仙道也，原为活人。今世之医，多不知此义。”
秦汉时期方士医学的贡献主要体现在方士们所创制、修习的各种神仙方术之中。关于方仙道的方术种类，蒙文通先生在《晚周仙道分三派考》一文中认为：“是古之仙道，大别为三，行气、药饵、宝精，三者而已也。”也就是说，方仙道的方术大致分为行气、药饵、宝精这三大派别，而古代的养生术也由此划分为导引行气、服食炼养以及房中养生这三大不同流派。以下就此三派作出阐释：
第一、导引行气。方士进行导引（行）气时常常要以辟谷为前提。辟谷也称断谷、休粮、绝粒，都是指那些不食五谷之术。辟谷思想也源于方仙道的神仙方士，庄子在《逍遥游》中就曾经绘声绘色地描述过这种能行辟谷之术的神秘人：“貌姑射之山，有神人居焉，肌肤若冰雪，绰约若处子。不食五谷，吸风饮露。乘云气，御飞龙，而游湖四海之外。”秦汉时期也出现了一些辟谷之士。《史记·封阐书》谓：“是时李少君亦以祠灶、谷道、却老方见上，上遵之。”《史记·留侯世家》也有张良“乃学辟谷，导引轻身”的记载。马王推出土医书中《却谷食气》专论辟谷之术，通篇论述了根据天地四时的自然运行，随月逐日食天地之清气（亦称六气，即朝霞、沦阴、坑瀣、正阳、天玄、地黄之气），来达到辟谷目的，以求强身健体、延年益寿。
汉末道教创兴后，把辟谷术也纳入其修仙方术之列，并从宗教神秘主义的角度加以重新阐释。道教认为，人体中有三尸，亦称三虫、三彭。上尸名彭倨，好宝物；中尸名彭质，好五味；下尸名彭娇；好色欲。而且上尸居脑宫，中尸居明堂，下尸居腹畏。三尸常居人脾，是欲望产生的根源，是毒害人体的邪魔。由于三尸在人体中是靠谷气生存的，如果人不食五谷，断其谷气。那么三尸在人体中就不能生存了，人体内也就消灭了恶魔。所以《抱补子内篇》云：“欲得长生，肠中当清；欲得不死，肠中无滓”。也就是说，要想益寿长生、“神明不死”就必须辟谷。在这一理论思想指导下，自道教创立后，许多道徒便虔诚地把研习辟谷之术作为修炼成仙的基本途径之一，各种辟谷之法如“服气绝粒”、“符水断谷”、“吞石辟谷”也不断涌现。据《抱朴子内篇》记载，当时已有辟谷之术“近有一百许发”。当然，道教辟谷之术最常用的还是通过吞食自然之清气来达到辟谷的目的。《云汲七签》中就载有“服气绝粒法”，兹录如下：“服气绝粒第二······平枕正卧，绝一切浮想。浮想若不除则心神炁当闭不行。绝想止念既定，然待出息尽，便闭玄牝，气鼓满牙齿，勿得相近。”欲咽之时，齿牙微相近，仍需收息缩气，弽腹咽下，以咽得为度，咽得饱以为期，亦无时限。”这也表明道教医学在导引行气、辟谷术上与方士医学是一脉相承的。
第二、服食。又称“服饵”，是战国以来方仙道（神仙家）在神仙信仰和“服食成仙”思想影响下发展起来的一门方术。据《列仙传》记载，早期方士除了服食一些矿物药外，还多喜食草木药。例如，赤松子“吟啖花草”，握佺“好食松实”，师门“桃李葩”，务光服“兰韭根”，鹿皮公“食芝草”，等等。马王堆医书《养生方》中载有许多食方，如“取细辛、乾姜、菌、鸟啄各二；并之，三指最（撮）以为后饭，益气，有（又）令人免（面）泽。”考《养生方》的服食方内容，多数是针对“老不起”、“阳不起”的房中补益方。《五十二病方》中也载有许多服食方。关于服食的源流及其发展、流变，本书在第四章第二节“道教服食疗法”已做了详细论述，兹不赘述。
第三、房中。本书在第六章第二节“房中术”中作了详细介绍，此处从略。
秦汉之际的方式医学中也包含有巫术医学的内容。这在马王堆医书中也充分反映出来了。例如马王堆医书《杂禁方》就是典型的巫医禁咒方，《胎产书》的内容也带有浓郁的巫医色彩，《五十二病房》中有不少祝由方。这表明巫术医学在秦汉时期仍有较大的影响。
战国、秦汉时期盛行的方士医学在中国传统医学史上占有一定的历史地位，方士医对传统医学的发展曾经做出国积极的贡献。据笔者统计，仅入载《古今图书集成》之《医部·医术名流列出传》的著名方士医就有凤纲、沈曦、安期生、崔文子、李少君、安丘望之、韩康、葛越、王遥、华佗等。
方士医学对传统医学的贡献主要体现在两个方面：一是方士的修仙方术对传统医药养生学的贡献，前面已详述；二是方士医学对本草学和制药学领域的贡献。方士在长生不死的神仙信仰驱使下，积极不懈地寻找各种延年益寿的天然草木类药物和动物药，并且在屡屡寻仙未果的情况下，至迟在秦始皇时代，方士们就巳萌发了人工炼制仙药的思想。如《史记》卷六《秦始皇本纪》云：“（始皇）悉召文学方士甚众，欲以兴太平。方士欲炼以求奇药。”这实际上是中国医学史上化学制药的先声，意义非同小可。方士所积极从事的原始炼丹术，扩大了药物的来源与品种，促进了秦汉时期药物学的发展。许多方士都熟谙本草药性，方士医学对本草学的影响及贡献可以从现存我国第一部系统的本草学著作《神农本草经》中窥见一斑。《神农本草经》原书于唐初就已失传。现仅存辑复本，是后人从《太平御览》、《证类本草》及《本草纲目》等书中辑录的。《神农本草经》和《黄帝内经》一样，并非出自一时一人之手，他是总结了秦汉以来包括方士医学在内的药物学基础上，经过许多医家之手，至迟在东汉时就已成书。从现存内容上分析，《神农本草经》明显带有方士医学特征。《神农本草经》载有植物药252种，动物药67种，矿物药46种，共365种，以“法三百六十五度，一度为一日，以成一岁”（卷三）。在药物分类上，首次提出了上、中、下三品分类法。三品分类法是我国传统医学最早的药物分类法，这一分类法显然是受到方士服食成仙思想的影响。其分类是以各种药物的药性是否有助于养性延命和轻身不老作为划分标准。葛洪在《抱补子内篇》卷十一“仙药”中引《神农四经》作了概括，即：“上药令人身安命延，升为天神······中药养性，下药治病。综上所述，我们可以清楚的看到方士医学及其医学思想曾对中国传统医药学产生过深刻的影响。而这可以视为道教与传统医学发生相互作用和影响关系的前奏。
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